Flubendazol er et benzimidazol-anthelmintikum. Det virker ved at binde sig til tubulin i parasitten, den dimeriske proteinunderenhed i mikrotubuli. Det hæmmer samling af mikrotubuli i absorberende celler: dvs. i intestinale celler hos nematoder eller tegumentale celler hos cestoder. Dette ses ved at cytoplasmiske mikrotubuli forsvinder, sekretoriske granula akkumuleres i cytoplasma på grund af blokeret transport, som fører til en nedsat belægning af cellemembranen og en nedsat fordøjelse og absorption af næringsstoffer. Irreversibel lytisk degenerering af cellerne, på grund af akkumulering af sekreter (hydrolytiske og proteolytiske enzymer) resulterer i parasittens død. Disse ændringer er relativt hurtige og ses primært i organeller direkte involveret i de sekretoriske og absorberende funktioner i cellerne. Ændringerne ses derimod ikke i værtens celler. En anden tubulinrelateret virkning er den stærke hæmning af ægklækning ved at hæmme mikrotubuli-afhængige processer i ormeægget under udvikling (celledeling).