Flubendazol er et benzimidazol anthelmintikum. Det virker ved at binde sig til tubulin i parasitten, den dimeriske proteinunderenhed i mikrotubuli. Det hæmmer mikrotubulær samling i absorberende celler: dvs. i nematoders tarmceller eller cestoders tegumentale celler. Dette ses ved at cytoplasmiske mikrotubuli forsvinder, akkumulering af sekretoriske granula i cytoplasma på grund af en blokering af transporten, som fører til en nedsat belægning af cellemembranen og en nedsat fordøjelse og absorption af næringsstoffer. Irreversibel lytisk degenerering af cellerne, på grund af ophobningen af sekreter (hydrolytiske og proteolytiske enzymer) resulterer i parasittens død. Disse ændringer er relativt hurtige og ses primært i de organeller, som er direkte involveret i de sekretoriske og absorberende funktioner i cellerne. Derimod ses ændringerne ikke i værtens celler.

En anden tubulin-relateret virkning er den stærke hæmning af ægklækning ved at hæmme mikrotubulus-afhængige processer i ormeæg under udvikling (celledeling).